Вторая линия разворачивается параллельно. Группа студентов класса 77B уже погружается в пучину безумия. Кадзуити Сода теряет контроль над своими изобретениями. Фуюхико Кузурю срывается на окружающих. Аканэ Овари ищет повод для драки. Они не просто злятся — они ломаются изнутри. Монокума появляется в самый неподходящий момент, подкидывая новые идеи для хаоса. Классная комната превращается в арену, где каждый борется за право остаться человеком. Но отчаяние заразно. Оно передается через слова, через взгляды, через поступки. Когда один из студентов совершает убийство, остальные не впадают в ужас. Они аплодируют. Это не игра в выживание. Это добровольное падение в бездну. Учителя, наблюдающие со стороны, понимают: спасать уже некого. Осталось только зафиксировать, как именно рухнула последняя надежда человечества. Школа надежды становится колыбелью самого страшного отчаяния, которое когда либо видел мир.

Пока детективы спорят о возможных версиях, выясняется, что в отеле есть потайная комната за стеной гостиной. Конан находит скрытый люк под ковром, ведущий в узкий коридор между этажами. Там он обнаруживает следы детских кроссовок и клочок бумаги с рисунком горы. Хэйдзи тем временем допрашивает персонал и узнает, что несколько лет назад в этом здании пропал другой ребенок. Связь между исчезновениями становится очевидной, когда Конан замечает, что рисунок Сёдзи повторяет очертания скалы за окном. Детективы бегут к подножию утеса, где находят искусно замаскированную пещеру. Внутри сидит перепуганный мальчик, который забрался туда в поисках старой легенды о сокровищах.

Параллельно разворачивается драма с участием Хаттори Хэйдзи, местного детектива, который тоже втянут в это дело. Он помогает Конану, но их пути расходятся, когда выясняется, что убийца охотится на конкретных людей, связанных с древним родом. В подземельях старого замка Конан находит тайник с картой, но попадает в западню. Взрывчатка заложена под мостом, и только смекалка спасает его от гибели. Ран, тем временем, сталкивается с убийцей лицом к лицу в храме Ясака, и ей приходится защищаться, используя каратэ. Конан успевает вовремя, чтобы раскрыть личность преступника: это оказывается женщина, которая мстит за свою семью, уничтоженную много лет назад. Финал разворачивается на крыше храма, где под дождем решается судьба статуи и жизни всех участников.

Коити решает рассказать обо всём своей старшей сестре Рине, которая работает в местной лаборатории. Рина приезжает в школу и забирает Уцуцу для исследований. Она говорит, что это редкий вид глубоководного организма, который может мутировать. Мана не верит ей и пытается проникнуть в лабораторию. Ночью она пробирается через вентиляцию и видит Уцуцу в стеклянном резервуаре. Существо бьётся о стенки, его тело покрыто трубками и датчиками. Мана разбивает резервуар камнем. Вода заливает пол, Уцуцу выскальзывает и ползёт к выходу. Рина и её коллеги пытаются поймать его, но существо движется слишком быстро. Оно вырывается на улицу и исчезает в ливневой канализации. Мана бежит за ним, но теряет след. На следующее утро она находит на берегу моря кусок чешуи, который светится в темноте. Она сжимает его в руке и смотрит на горизонт. Уцуцу больше нет, но море теперь кажется ей другим.

Их союз постоянно проверяется на прочность. Враги не дремлют, и каждая ошибка может стоить жизни. Тацуя сталкивается с могущественными магами, которые презирают его за отсутствие дара. Ему приходится драться с теми, кто способен с лёгкостью испепелить целый отряд. Он полагается на тактику, ловкость и знание человеческой психологии. Однажды во время ночного патруля он замечает следы взлома в личных покоях принцессы. Он не поднимает тревогу, а тихо проникает внутрь, чтобы встретить врага лицом к лицу. В темноте вспыхивает магия, но Тацуя использует отвлекающий манёвр и нейтрализует нападавшего голыми руками. Принцесса наблюдает за этой схваткой из укрытия. Она видит, что её защитник готов рисковать собой без колебаний. Доверие между ними крепнет, но расслабляться нельзя. Империя огромна, и в её тени всегда прячется новый заговор. Каждый прожитый день приближает их к разгадке главной тайны, но одновременно ставит под удар всё, что они отвоевали.

Академия Кью оказывается не просто школой. За её стенами скрываются тёмные секреты, а некоторые учителя сами замешаны в преступлениях. Мао и Кюске натыкаются на след тайной организации, которая манипулирует правосудием. Кюске получает загадочные сообщения от неизвестного, кто знает о его прошлом. Мао пытается защитить напарника, но он сам лезет в опасность, подставляясь под удар. Расследование выводит их на бывшего детектива, который теперь работает против закона. Погони, подставы и ловушки становятся частью их учёбы. Мао приходится нарушать правила, чтобы спасти Кюске, а он впервые признаёт, что ему нужна помощь. Школа перестаёт быть местом для тренировок. Она превращается в поле битвы, где каждый студент делает выбор между буквой закона и справедливостью.

Сюжет закручивается вокруг противостояния двух враждующих банд, контролирующих подпольный мир Токио. Химуро пытается раскрыть правду о серийных убийствах, но каждый шаг приближает его к опасным тайнам. Маки получает задание устранить важного свидетеля, и парень вынужден выбирать, кого защищать. В городе появляется таинственный киллер в маске, который охотится на членов обеих группировок. Химуро понимает, что за всем этим стоит кто то влиятельный, кто манипулирует событиями из тени. Полицейский расследование переплетается с личной драмой, когда выясняется, что Маки знает гораздо больше, чем говорит. Каждая новая улика ведёт к ещё более мрачным открытиям, а доверять нельзя никому.

Ситуация накаляется, когда в деле появляется таинственный убийца, уничтожающий богов одного за другим. Локи понимает, что это не просто случайные смерти, а спланированная охота. Убийца использует древнее оружие, способное убить даже бессмертного. Параллельно в городе начинают происходить странные события, связанные с пророчеством о конце света. Локи приходится работать с теми, кого он раньше считал врагами, и одновременно защищать Маюру, которая всё глубже втягивается в мир богов. Верданди скрывает свои истинные мотивы, и Локи не до конца доверяет даже собственной дочери. Каждый новый труп приближает разгадку, но и делает ситуацию опаснее. Локи балансирует между расследованием, защитой близких и попытками не попасться в ловушку, расставленную невидимым врагом.

Проблемы нарастают как снежный ком. Одзи приходится врать друзьям, чтобы объяснить её появление. Он тайком приносит ей еду, покупает одежду и ищет способ вернуть её домой. Но девушка не спешит улетать. Она задаёт странные вопросы о смерти, одиночестве и человеческих чувствах. Одзи злится, срывается, но всё равно возвращается к ней снова и снова. Однажды он замечает, что она не ест, а просто смотрит на еду. В другой раз она исчезает на целый день, а потом появляется на том же месте, на крыше, с мокрыми волосами и без обуви. Одзи понимает: он ввязался во что-то гораздо более серьёзное, чем просто помощь потерявшейся девушке. Ему страшно, но бросить её он уже не может.