Третий сезон застает Кайто Даймона в новой и опасной роли. Он больше не просто гениальный школьник, решающий головоломки. Теперь он работает на организацию Пазл, которая пытается предотвратить катастрофу. В центре сюжета оказывается загадочный проект «Элис», способный уничтожить человечество. Кайто приходится объединиться с бывшими врагами, включая хладнокровного Фримена и загадочную Елену. Вместе они проникают в секретные лаборатории и взламывают системы, защищенные смертельными ловушками. Каждая дверь здесь требует не просто логики, а мгновенной реакции и готовности рисковать жизнью. Ставки растут с каждой минутой, а времени на раздумья практически нет.

Параллельно развивается линия с новым противником — организацией «Раш», которая хочет использовать проект «Элис» в своих целях. Их лидер, таинственный человек в маске, оказывается старым знакомым Кайто. Это создает дополнительное напряжение в команде. Друзья Кайто, Ноноко и Курама, тоже не сидят сложа руки. Они пытаются расшифровать древние манускрипты, которые содержат ключ к управлению «Элис». Каждый новый уровень испытаний становится сложнее предыдущего. Головоломки теперь не просто абстрактные задачи, а реальные механизмы, которые могут убить. Кайто использует свою уникальную способность видеть решения в виде светящихся линий, но даже этого иногда недостаточно. Ему приходится учиться работать в команде и доверять другим, что дается ему с трудом. Финал сезона подводит историю к логическому завершению, раскрывая все тайны проекта и истинные мотивы каждого персонажа.