Космический линкор Ямато 2199

2199 год. Земля задыхается под радиоактивным небом. Планету накрыло смертоносное излучение после атак неизвестной цивилизации Гаталантес. Люди прячутся в подземных убежищах, но ресурсы на исходе, а атмосфера становится всё более ядовитой. Внезапно на дне океана находят затонувший линкор времен Второй мировой войны. Внутри корабля обнаруживают послание от инопланетной принцессы с планеты Искандер. Она предлагает устройство, способное очистить Землю, но его нужно забрать лично. Экипаж собирают наспех. Офицеры, инженеры, пилоты и даже бывший преступник Сусуму Кодай получают шанс на искупление. Старт назначен немедленно. Корабль модернизируют, устанавливают варп-двигатель и волновое орудие. Ямато поднимается из воды и уходит в открытый космос.

Путь до Искандера занимает 168 тысяч световых лет. Каждый прыжок через варп-пространство рискован. Гаталантес повсюду. Их флот блокирует маршруты, атакует без предупреждения и использует технологии, которые земляне едва понимают. Ямато приходится прорываться с боями. Волновое орудие выжигает вражеские крейсеры, но каждый выстрел тратит драгоценную энергию. Внутри корабля тоже не всё гладко. Часть экипажа сомневается в успехе миссии. Кодай постоянно спорит с капитаном Окитой, который болен и редко покидает мостик. Девушка-аналитик Юки Мори пытается расшифровать данные с Искандера, но натыкается на странные несоответствия. Враги не просто уничтожают корабли. Они ставят ловушки, используют психологическое давление и подсылают шпионов. Ямато теряет союзников, получает повреждения и балансирует на грани гибели. Каждое решение на мостике может стать последним.