Исчезновение Харухи Судзумии

Кёну приходит в себя на школьной скамье, и всё вокруг кажется неправильным. Одноклассники ведут себя обычно, но он замечает, что Харухи Судзумии нет на её месте. Никто не помнит, чтобы она вообще существовала. Юки Нагато превращается в обычную тихую библиотекаршу, Микуру Асахина не узнаёт его, а Ицки Коидзуми просто переведён в другую школу. Мир потерял все сверхъестественные элементы, и Кён оказывается единственным, кто помнит, какой была реальность раньше. Он пытается докопаться до правды, но сталкивается с пустотой. Люди вокруг живут спокойной жизнью, и только он чувствует, что что-то пошло не так. Всё, что осталось от прежнего порядка, это странная записка от Юки, которая ведёт его в заброшенное здание. Там он находит не ту Нагато, которую знал, а версию, запертую в цифровом пространстве. Она объясняет, что её другая личность переписала реальность, чтобы избавиться от Харухи. Теперь Кён должен решить, стоит ли возвращать всё назад, рискуя потерять этот спокойный мир.

Кён не может смириться с исчезновением Харухи, даже если её отсутствие сделало жизнь предсказуемой. Он собирает остатки команды, хотя Микуру и Коидзуми теперь обычные люди без воспоминаний. Вместе они проникают в виртуальное пространство, созданное Юки, где время застыло. Там Кён находит настоящую Харухи, запертую в бесконечном летнем дне. Она не понимает, что происходит, но её сила всё ещё работает. Кён должен убедить её выбраться, но для этого нужно сломать программу, которую написала Юки. В финале он сталкивается с выбором: оставить всё как есть или вернуть хаос, который приносила Харухи. Он выбирает второе, и реальность перезагружается. Харухи возвращается, Юки снова становится инопланетным интерфейсом, а мир наполняется странными событиями. Кён понимает, что спокойная жизнь не стоила потери того, что делало их команду особенной.